沖縄タイムズによると、沖縄県は3月末までに、修学旅行による民泊利用に際しガイドラインを設けるとされています。

沖縄タイムズ「沖縄修学旅行の民泊にガイドライン 旅館業法の許可で安心・安全を保証」

現時点の対策としては、最善の方法を取ったと思いますね。
民泊に関する新法(住宅宿泊事業法)が3月にも国会に提出されると報道されていますが、現実問題として、新法による登録者が防災、衛生管理等の面でどれだけ現行の基準に沿うことになるかははっきりしておらず、また、既存住宅の流用で安全面が担保されるとは考えずらいところもあります。
そうであれば、当面は旅館業法許可事業者限定で受入れをするというのは妥当なところになるのでしょう。